微信公众号支付和小程序支付存在以下区别：
接入方式与开发难度：
公众号支付：
接入时需在微信商户平台设置支付目录和授权域名。支付目录必须与实际支付请求的目录一致，否则无法唤起支付；获取用户信息时，需在公众平台设置获取openid的域名，开发过程相对复杂一些。
对于前端开发，需要调用微信网页授权接口获取用户信息后，再进行支付操作，涉及到较多的页面跳转和接口调用逻辑。
小程序支付：
开发相对简单，小程序本身已内置了部分支付相关的接口和功能。开发者只需在小程序内调用登录接口获取用户的openid，然后进行统一下单等操作即可。
小程序访问商户服务必须通过https，在开发部署时需要确保服务器支持https协议，但整体开发流程较为清晰直接。
应用场景与用户体验：
公众号支付：
主要应用于在微信公众号内的网页场景，比如商家在公众号中推送商品信息或服务，用户点击链接进入相关页面后进行支付。用户可能是通过公众号的推文、菜单链接等进入支付页面。
用户在支付过程中可能会受到网络环境、页面加载速度等因素的影响，且页面跳转可能会让用户感觉操作流程相对繁琐。不过，对于一些习惯在公众号内进行操作的用户来说，这种支付方式也比较方便。
小程序支付：
是在微信小程序内的支付场景，用户在使用小程序时直接进行支付，无需跳转到外部网页。例如，用户在电商小程序中购买商品、在生活服务小程序中缴纳费用等。
小程序支付的体验更加流畅、便捷，支付界面与小程序的整体风格融合度高，用户操作起来更加自然、顺手，能够提高支付的成功率和用户的满意度。
支付流程的细节差异：
公众号支付：用户进入商家的H5页面后，页面内调用JS SDK完成支付。支付时需要五个字段参与签名（区分大小写），包括appid、noncestr、package、signtype、timestamp。调起支付页面的协议可以是http或https。
小程序支付：在调起支付前同样需要获取prepay_id等信息，但签名的字段和公众号支付略有不同。调起支付页面的协议必须是https，以保障支付的安全。小程序支付有complete、fail、success等回调函数，方便开发者处理支付结果。
适用主体与账号体系：
公众号支付：适用于微信服务号，且服务号必须通过微信认证。如果是企业或组织，需要有相关的资质证明才能申请服务号并开通支付功能。公众号支付依赖于公众号的粉丝体系，用户在支付前需要关注公众号。
小程序支付：适用于微信小程序，小程序可以由个人、企业、组织等不同主体开发。小程序有独立的账号体系，用户在使用小程序支付时，不一定需要关注相关的公众号或服务号，但小程序需要与微信支付商户号进行绑定。